Rna không mã hóa dài là gì? Các nghiên cứu khoa học

Định nghĩa RNA không mã hóa dài (lncRNA)

RNA không mã hóa dài (long non-coding RNA – lncRNA) là các phân tử RNA có chiều dài lớn hơn 200 nucleotide nhưng không được dịch mã thành protein. Mặc dù được phiên mã từ DNA bởi RNA polymerase II giống như mRNA, lncRNA không tham gia vào quá trình dịch mã để tạo ra chuỗi polypeptide. Thay vào đó, chúng thực hiện các chức năng điều hòa quan trọng trong tế bào.

lncRNA có thể tác động đến nhiều bước trong biểu hiện gen, từ điều hòa epigenetic, phiên mã, đến xử lý hậu phiên mã và dịch mã. Vai trò của lncRNA đã được chứng minh là thiết yếu trong các quá trình phát triển, biệt hóa tế bào, điều hòa miễn dịch và sinh bệnh học. Nhiều nghiên cứu đã phát hiện lncRNA có mặt trong nhân, bào tương và các cấu trúc dưới tế bào khác, cho thấy phạm vi hoạt động rộng.

Tham khảo định nghĩa chi tiết tại bài tổng quan của Nature Reviews Genetics: What are long noncoding RNAs?

Cấu trúc và đặc điểm phân tử của lncRNA

Mặc dù không mã hóa protein, nhiều lncRNA có đặc điểm cấu trúc tương tự như mRNA: chúng thường có nắp 5’-methylguanosine, polyadenyl hóa ở đầu 3’, có các exon và intron, và có thể trải qua quá trình splice. Tuy nhiên, lncRNA thường biểu hiện ở mức độ thấp hơn nhiều so với mRNA, và có tính bảo tồn trình tự thấp hơn qua các loài.

Cấu trúc bậc hai và ba của lncRNA đóng vai trò quyết định trong chức năng sinh học của chúng. Những cấu trúc này cho phép lncRNA tương tác với protein, RNA khác, hoặc DNA thông qua các vị trí đặc hiệu. Không giống như protein, chức năng của lncRNA thường được xác định không bởi trình tự mà bởi cấu trúc không gian.

Đặc điểm	lncRNA	mRNA
Có mã hóa protein	Không	Có
Chiều dài	> 200 nucleotide	Trung bình 1000–3000 nucleotide
Có polyA, mũ 5’	Thường có	Có
Biểu hiện theo mô	Cao	Trung bình đến cao
Bảo tồn trình tự	Thấp	Cao

Phân loại lncRNA theo vị trí gen

lncRNA có thể được phân loại dựa trên vị trí và hướng phiên mã của chúng so với các gen mã hóa protein. Sự phân loại này giúp hiểu rõ chức năng và cơ chế hoạt động tiềm năng của từng loại lncRNA. Dưới đây là các nhóm chính:

• Sense lncRNA: được phiên mã cùng chiều với một gen mã hóa và có thể bao gồm toàn bộ hoặc một phần trình tự của gen đó.
• Antisense lncRNA: phiên mã ngược chiều với gen mã hóa; có thể ức chế biểu hiện gen bằng cách bắt cặp với mRNA mục tiêu.
• Intronic lncRNA: nằm trong intron của gen mã hóa khác, không chồng lấp với exon.
• Intergenic lncRNA (lincRNA): nằm giữa hai gen mã hóa, có thể hoạt động độc lập như các đơn vị phiên mã riêng biệt.

Mỗi loại lncRNA có thể tương tác với các yếu tố điều hòa khác nhau và ảnh hưởng đến quá trình biểu hiện gen ở mức độ riêng biệt. Một số lncRNA còn có vai trò làm nền tảng cho các tổ hợp protein phức tạp.

Cơ chế hoạt động của lncRNA

lncRNA có thể điều hòa hoạt động sinh học thông qua nhiều cơ chế khác nhau. Một trong số đó là khả năng “hướng dẫn” các phức hợp protein đến vị trí DNA hoặc RNA mục tiêu. Cơ chế này cho phép lncRNA kiểm soát chính xác thời gian và không gian biểu hiện gen.

Một số cơ chế phổ biến của lncRNA bao gồm:

1. Guide: dẫn các enzyme sửa đổi epigenetic như PRC2 hoặc DNMT đến các vùng đích trên DNA.
2. Scaffold: làm khung tổ chức để liên kết nhiều protein lại với nhau trong cùng phức hợp.
3. Decoy: cạnh tranh liên kết với các yếu tố phiên mã hoặc microRNA, làm giảm tác động của chúng lên gen mục tiêu.
4. Signal: biểu hiện có tính thời gian hoặc mô đặc hiệu, hoạt động như một tín hiệu đáp ứng môi trường hoặc phát triển.

Một ví dụ nổi bật là XIST – lncRNA đặc hiệu trong bất hoạt nhiễm sắc thể X ở nữ, hoạt động như guide RNA dẫn phức hợp PRC2 đến toàn bộ nhiễm sắc thể X, từ đó gây methyl hóa và tắt biểu hiện gen toàn bộ NST này.

Vai trò sinh học của lncRNA

lncRNA tham gia vào nhiều quá trình sinh học quan trọng nhờ khả năng điều hòa biểu hiện gen cả ở mức cục bộ (cis) lẫn toàn cục (trans). Chúng kiểm soát hoạt động của các yếu tố phiên mã, enzyme sửa đổi chromatin và ảnh hưởng đến sự ổn định của RNA thông tin.

Một số lncRNA điều khiển giai đoạn phát triển nhất định như lncRNA Braveheart trong sự hình thành tim mạch, hoặc TUNA trong biệt hóa tế bào gốc thần kinh. Bên cạnh đó, lncRNA còn ảnh hưởng đến tổ chức không gian của bộ gen trong nhân, ví dụ như NEAT1 và MALAT1 hình thành cấu trúc thể hạt nhân như paraspeckles và speckles.

Dưới đây là một số chức năng đã được ghi nhận:

• Điều hòa biểu hiện gen bởi kiểm soát đóng – mở chromatin
• Tham gia phân chia tế bào, biệt hóa, và hình thành mô
• Liên kết với protein điều hòa để định hướng chức năng phiên mã
• Can thiệp vào sự ổn định và dịch mã của mRNA

lncRNA trong bệnh lý

Nhiều lncRNA có liên quan trực tiếp đến cơ chế bệnh sinh, đặc biệt là trong ung thư, bệnh tim mạch, và bệnh thần kinh. Do tính đặc hiệu mô và vai trò điều hòa mạnh, sự rối loạn biểu hiện của lncRNA có thể làm mất cân bằng điều hòa tế bào, dẫn đến bệnh lý.

Trong ung thư, lncRNA có thể hoạt động như chất xúc tiến (onco-lncRNA) hoặc chất ức chế khối u (tumor suppressor lncRNA). Ví dụ:

• HOTAIR: được tìm thấy tăng cao ở ung thư vú, ruột, và gan; giúp thúc đẩy di căn bằng cách thay đổi methyl hóa histone tại vị trí xa.
• MALAT1: liên quan đến di căn ung thư phổi không tế bào nhỏ (NSCLC); ảnh hưởng đến điều hòa splicing và di chuyển tế bào.
• ANRIL: điều hòa gen INK4/ARF liên quan đến kiểm soát chu kỳ tế bào; biến thể tại locus này liên quan đến bệnh tim mạch.

Nguồn tham khảo: Nature Reviews Cancer - lncRNAs in Cancer

Tiềm năng ứng dụng y học

Với đặc điểm biểu hiện đặc hiệu theo mô, giai đoạn bệnh và ổn định trong dịch sinh học, lncRNA đang nổi lên như ứng viên tiềm năng cho các biomarker chẩn đoán không xâm lấn. Một số lncRNA như PCA3 đã được dùng làm chỉ dấu trong xét nghiệm ung thư tuyến tiền liệt.

Công nghệ antisense oligonucleotide (ASO), siRNA và CRISPR/Cas hiện đang được thử nghiệm để nhắm vào lncRNA bất thường. Thử nghiệm lâm sàng sử dụng ASO ức chế MALAT1 và DANCR đã cho kết quả khả quan trong mô hình chuột.

Ứng dụng y học tiềm năng:

1. Biomarker chẩn đoán ung thư, tim mạch, thần kinh
2. Tiên lượng bệnh và phản ứng điều trị
3. Đích điều trị bằng liệu pháp RNA hoặc CRISPR

Các công cụ và cơ sở dữ liệu nghiên cứu lncRNA

Việc nghiên cứu lncRNA đã được hỗ trợ mạnh mẽ bởi các cơ sở dữ liệu và công cụ tin sinh học, giúp định danh, chú thích và phân tích chức năng của lncRNA:

• GENCODE: chú giải bộ gen người, bao gồm các lncRNA đã xác minh
• LNCipedia: cơ sở dữ liệu lncRNA người có chú thích và dữ liệu biểu hiện
• NONCODE: cơ sở dữ liệu toàn diện về RNA không mã hóa
• lncRNAdb: cơ sở dữ liệu các lncRNA đã được xác định chức năng

Các công cụ phân tích như CPC2 (Coding Potential Calculator), FEELnc, hoặc LncSEA được dùng để phân loại lncRNA và dự đoán chức năng dựa trên dữ liệu biểu hiện và mạng tương tác.

Thách thức và hướng nghiên cứu tương lai

Dù nhiều lncRNA đã được mô tả, phần lớn trong số hàng ngàn lncRNA vẫn chưa rõ chức năng. Thách thức lớn nhất là mức độ bảo tồn thấp giữa các loài và mức biểu hiện thấp, gây khó khăn trong việc xác định chức năng sinh học.

Một số vấn đề cần giải quyết:

• Xác định chức năng lncRNA trong bối cảnh sinh học cụ thể
• Chuẩn hóa dữ liệu và mô hình hóa biểu hiện lncRNA
• Tăng cường tích hợp dữ liệu omics: genomics, epigenomics, transcriptomics
• Phát triển các mô hình động vật biểu hiện lncRNA tương đồng người

Hướng nghiên cứu tương lai tập trung vào việc xác định chức năng điều hòa mới, phát triển liệu pháp RNA chính xác, và sử dụng lncRNA như mục tiêu cho liệu pháp phối hợp trong ung thư.

Tài liệu tham khảo

1. Ponting CP, et al. (2011). What are long noncoding RNAs?. Nature Reviews Genetics.
2. Ulitsky I, Bartel DP. (2013). lncRNAs: Genomics, Evolution, and Mechanisms. Cell.
3. Schmitt AM, Chang HY. (2016). Long Noncoding RNAs in Cancer. Nature Reviews Cancer.
4. EMBL-EBI – Functional Genomics: lncRNA
5. GENCODE - Human Genome Annotation
6. LNCipedia - Long Non-coding RNA Database
7. NONCODE Database